L’application Jupyter notebook

Pour accéder à Jupyter Notebook à partir de votre navigateur, vous devez passer par un tunnel ssh. Voici les étapes principales à suivre :

Creation d’un environnement Conda sur votre espace de travail. en poursuivant les étapes décrites dans le lien suivant:https://github.com/HPC-MARWAN-Team/hpc_samples/tree/master/Anaconda et installation de jupyter à l’aide de la commande conda install
Réservation d’un core d’un nœud de calcul libre via la commande :

srun -N 1 -n 1 -p defq --pty bash -i

Vous pouvez ajouter d’autres argument pour demander une partition spécifique ou plus de cores, pour plus d’informations voir la documentation sur la commande srun –help . Par défaut cette commande vous donne accès ssh à un des nœuds de calcul où vous pouvez lancer Jupyter Notebook. L’option defq de cette commande vous permet d’accéder à ce nœud durant 2h.

Charger l’environnement Conda que vous avez crée dans l’étape precedente sur le nœud de calcul réservé auparavant (pour notre exemple de test c’est node11) . l’environnement Conda installé sur le cluster HPC-MARWAN est anaconda, voici les lignes de commandes a exécuter pour charger l’environnement anaconda et activer l’application jupyter :

export CONDA_ENVS_PATH=/data/$USER/envs
module load anaconda3
source activate my_Env_Name

Lancer Jupyter Notebook en précisant un numéro de port (40000 par exemple)

Note

Noter le token généré par Jupyter pour sécuriser l’accès

Sur Windows

a l’aide de l’application MobaXterm , créer le tunnel ssh :

Et le configurer pour permettre le forwarding entre

un port libre dans votre machine locale (exemple 8080)

la machine hpc-login.marwan.ma(port 22 )

et le nœud alloué (pour notre exemple : node11 , port 40000)

Puis lancez le tunnel (bouton ‘Start’ ) et tapez le mot de passe de votre compte ssh sur la machine hpc-login.marwan.ma

Sur Linux

Ouvrir un terminal et lancer la commande suivante:

ssh username@hpc-login.marwan.ma -L8080:node11:40000 –N

Une fois le tunnel ssh démarré, vous pouvez vous connecter via le navigateur de votre machine local (de préférence Firefox ou Chrome) après avoir fourni le token généré (par exemple : db3648aa8efc526c89239523acda3a166ce17389fab97c94), voir la figure suivante :

Pour terminer l’allocation des ressources (node11 dans l’exemple), il suffit d’arrêter le notebook (ctrl –c) et de faire un exit du nœud réservé.